StB začala ničit dokumenty hned po 17. listopadu
Svazky komunistické státní bezpečnosti se ničily hlavně v době, kdy ministerstvo vnitra vedl nyní takřka neznámý František Pinc. Shodují se na tom historik Pavel Žáček a bývalý ministr Richard Sacher. StB po listopadu 1989 zničila desítky tisíc písemností. Šéf slovenského Ústavu paměti národa Ján Langoš v pátek řekl, že za skartaci živých svazků spolupracovníků StB jsou ale odpovědni Marián Čalfa, Ján Čarnogurský a Valtr Komárek. Trojice politiků od 10. prosince 1989 do 15. ledna 1990 ministerstvo vnitra společně vedla. Oficiální rozkaz ke skartaci vybraných dokumentů vydal tehdejší první náměstek ministra vnitra a šéf StB Alojz Lorenz 1. prosince 1989. Dalším rozkazem skartace 8. prosince zastavil.
Ničily se tajné a přísně tajné materiály a živé svazky, to znamená materiály vedené na agenty, kteří v té době pro StB aktivně pracovali. "Je potřebné postupovat tak, aby na útvarech nezůstaly materiály, jež by měly vzhledem k současnému politickému uspořádání kompromitující charakter," uvádělo se mimo jiné v rozkaze.
Pinc ve vládě Ladislava Adamce zastupoval KSČ a do čela ministerstva vnitra byl jmenován 3. prosince 1989. O týden později přešel na rezort paliv a energetiky. Z dokumentů lze podle Žáčka usuzovat, že do jisté chvíle Pinc o skartacích nic nevěděl. Dokumenty o činnosti tajné bezpečnosti však začali její příslušníci ničit ihned po 17. listopadu. Prokop Tomek z Úřadu dokumentace a vyšetřování zločinů komunismu řekl, že StB zničila až 70 procent svazků takzvaných nepřátelských osob. Podobně ale naložila s písemnostmi důležitých spolupracovníků. "V době, kdy vnitro vedl takzvaný triumvirát Čalfa, Komárek a Čarnogurský, už byly zásadní dokumenty zničeny," řekl Žáček. Likvidace jednotlivých dokumentů a "dočišťování" ale v menším rozsahu pokračovaly nadále. Podle dřívějšího Sachrova vyjádření tomu napomohla skutečnost, že ministerstvo bylo v té době prakticky bez vedení.
Tehdejší vedení Občanského fóra se ale podle Sachra spíše bálo reakce veřejnosti, kterou by zveřejnění svazků StB mohlo vyvolat. Václav Havel prý tehdy například navrhoval, aby se svazky zapečetily a navždy zůstaly uzamčeny. Proti tomu se ale postavil dnešní ombudsman Otakar Motejl s argumentem, že svazky mohou obsahovat informace o zločinech příslušníků StB. Proto se svazky dále využívaly k lustracím vybraných osob, například kandidátů do parlamentu. Toto rozhodnutí bylo prvním krokem k pozdějšímu přijetí lustračního zákona.