Když jsou bakterie jako knihy: Karel Břinda o výzkumu na Harvardu

Co je potřeba k vybudování vědecké kariéry napříč kontinenty, obory a výzkumnými kulturami? Karel Břinda přibližuje, jak mohou zvědavost, mobilita a interdisciplinarita formovat dráhu moderního výzkumníka ve světě, kde věda stále více překračuje hranice. Na základě své osobní zkušenosti z prostředí Ivy League i současné práce na sekvenování genomických dat a antibiotické rezistenci vysvětluje, jak se zdánlivě abstraktní výpočetní metody mohou proměnit v reálný dopad.

XP: Vybudoval jste mezinárodní kariéru, která zahrnuje Prahu, Paříž, Boston, Rennes… Jak byste tuto akademickou cestu zatím popsal?

KB: Myslím, že v srdci jsem informatik. Původně jsem studoval na Českém vysokém učení technickém na Fakultě jaderné a fyzikálně inženýrské, kde jsem začínal na matematickém oboru. Později jsem zvažoval odchod do západní Evropy, protože jsem chtěl v budoucnu dělat vědeckou kariéru a cítil jsem, že je velmi důležité získat mezinárodní zkušenost. Přestěhoval jsem se tedy do Paříže. Získal jsem doktorandskou pozici u Gregoryho Kucherova, známého vědce v bioinformatice, a právě tak jsem se posunul od čisté matematiky více k biologii. Po doktorátu jsem chtěl absolvovat postdok v zahraničí a nakonec jsem skončil v Bostonu na Harvardově univerzitě. A po pěti letech v Bostonu jsem se chtěl vrátit do Evropy, protože v srdci jsem rozhodně Evropan, ne Američan. Získal jsem trvalou výzkumnou pozici ve Francii, v Rennes.

XP: Mohl byste nám trochu popsat rozdíly ve výzkumném prostředí mezi Českou republikou, USA a Francií?

KB: Z mého pohledu je největší rozdíl v míře interdisciplinarity. V Evropě jsem byl zvyklý na oddělení podle jednotlivých oborů. V USA jsem zažil něco úplně jiného. Bylo to jako tavicí kotlík všech disciplín dohromady — biologie, informatiky, medicíny a epidemiologie. Tento smysl pro interdisciplinaritu jsem si v USA opravdu osvojil a snažím se ho přenášet zpět do Evropy.

XP: Abychom na to navázali, jak byste laikovi vysvětlil, čemu se vlastně věnujete?

KB: Stručně řečeno, můj výzkum se zaměřuje na vývoj algoritmů pro takzvané sekvenování dat. Sekvenování DNA je jedním z hlavních technologických pokroků posledních desetiletí. Bakteriální genom si můžeme představit jako knihu. A teď si představte, že ji vložíme do skartovačky. A já se vás zeptám: „Jaký byl původní genom?“ Můj výzkum se soustředí na vývoj rychlejších metod, které by dokázaly poskytnout pacientovi informaci o rezistenci ideálně během jednoho dne.

XP: Zmínil jste pojem fylogenetická komprese. Můžete nám o něm říct více a vysvětlit, co tento proces obnáší?

KB: Když přemýšlíme o bakteriích, v určitém smyslu si je můžeme představit jako knihy. Pokud si představíte, že byste všechny vytištěné bakteriální genomy postavili vedle sebe na jednu knihovnu, sahala by přibližně od Prahy do Plzně. Navrhli jsme knihy — tedy bakterie — předem uspořádat inteligentním způsobem. V podstatě je seřadit podle evoluční historie. Tím se stanou okamžitě velmi dobře komprimovatelnými, protože dvě knihy obsahující stejnou větu budou nyní velmi blízko u sebe.

XP: Jaké by bylo vaše poselství českým studentům, kteří sní o tom, že se dostanou na instituce jako Harvard nebo INRIA?

KB: První by určitě bylo: buďte ambiciózní a nenechte se odradit. Často v českém prostředí vidím hodně odrazování přicházejícího z vyšších úrovní akademie. Druhá věc je mít na svém životopise konkrétní výsledky. Začněte opravdu brzy a snažte se svůj profil budovat tak, abyste ho později, když budete chtít tento krok udělat, dokázali lidem srozumitelně představit. Rád bych zdůraznil, že pro mě byl přechod na Harvard ve skutečnosti ze všech přechodů, které jsem udělal, ten nejjednodušší.

Rozhovor vznikl v rámci společného projektu Radio Prague International, Českého centra v Paříži a iniciativy Czexpats in Science. Série Věda bez hranic s mladými úspěšnými českými vědci působícími v různých oborech ve Francii se natáčela na jejich setkání v Paříži. Navazuje na první sérii deseti rozhovorů z Vídně.