Vydáním císařského patentu Ferdinanda II. začala před 400 lety doba temna
9. 4. 1624 vydal Ferdinand II. patent, kterým se v Čechách povolovalo pouze katolické náboženství a o pár dní později další, který zakazoval královským městům přijímat nekatolické měšťany a také zakazoval nekatolíkům ve městě vykonávat živnost.
Bitva na Bílé hoře roku 1620 se stala pro protestanské stavy osudnou. Vítězstvím císařských vojsk začala nová fáze rekatolizace pod patronací císaře Ferdinanda II. Podle románu Aloise Jiráska bývá někdy označována jako doba temna. Rekatolizace měla v zásadě dvě podoby: přísný, tvrdý a nekompromisní postup s použitím všech donucovacích prostředků, nebo postupné, důsledné a nenásilné působení se snahou probudit opravdový a niterný zájem o katolickou víru. Významná část, většina české populace, se tehdy modlila při utrakvistických bohoslužbách, které byly svou povahou, modlitbami, zpěvy a svátostmi mnohem bližší katolickým než luteránským, nebo dokonce kalvínským bohoslužbám. Tuto teorii potvrzují dochované zpěvníky a náboženské knihy utrakvistů. (Označení utrakvismus pochází z latinského sub utraque specie, což v překladu znamená pod obojí).
Tato kališnická církev si zachovala katolické rituály a lišila se od oficiální římskokatolické církve jenom podáváním krve Páně a uctíváním mistra Jana Husa. Oproti tomu luteráni překopali obřady a zrušili svátosti, které byly v Čechách stále živé. A tak císař a král Ferdinand II. který musel dobývat české země kvůli vzpouře stavů, nemusel příliš dobývat srdce věřících. Ti teď museli uznat papeže za hlavu církve a smířit se s tím, že nemohou přijímat z kalicha. A k návratu do lůna římské církve jim stačila pouhá zpověď. Papež považoval stavovské povstání za dílo kacířů, ale většinu českého lidu měl jenom za zbloudilé ovečky, kterým je třeba pomoci nalézt cestu zpátky. Tím není řečeno, že by rekatolizace neměla kruté a násilné stránky, které postihly nábožensky vyhraněnou luteránskou a českobratrskou menšinu. Svědčí o tom například záznam o likvidaci povstání ve východních Čechách z roku 1628: „Z těch zajatých někteří byli kolem lámáni a do kola vpleteni, jiní na kůly vstrčeni, některým nosy i uši uřezané i také na zádech cejchové vypáleni byli, a tak znamenaní k svým živnostem propuštěni byvše, více se svýmu pánu protiviti nechtěli.“
Téměř celé Čechy a Morava se tak postupně staly katolickými zeměmi. Nepočetné skupiny nekatolíků zůstaly v pohraničních podkrušnohorských oblastech a v Ašském výběžku (luteráni) i v pohorských regionech východních Čech a Moravy (čeští bratři). Zde potom vznikaly i nové heretické sekty, které měly vesměs jen lokální význam.
